Эмблема Футбольного Клуба «Са́ксан» сочетает в себе цвета гагаузского флага: синий, белый и красный. Три звезды являются частью логотипа и символизируют три районных центра Гагауз Ери так же как на флаге автономии. По этой же причине звезды на эмблеме отрисованы желтым цветом.